・パワーポイント上で目次を作っている場合、差し替えたいスライドのみをアップロードしたらリンクが切れますか？ 切れる場合、対策がありますか？

はい、リンクが切れてしまいます。
差し替えたいスライドだけ追加アップロードすると、「ファイル内リンク」の設定が正しく機能しなくなることがございます。

お手数をおかけしますが、全スライド一緒に「再反映」アップロードしてください。
※PIP-Maker上では、スライドの中身（スライド文字やリンク等）を編集できませんので、パワーポイントを修正し、再アップロードを実施してください。

詳細は基本操作マニュアル【動画を更新（スライド反映）】をご確認ください。
▼マニュアル（操作マニュアル）▼
https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_creator.pdf

▼操作方法マニュアル動画▼
https://view.pip-maker.com/v/oo9v7zpkie