・イントネーションを修正することはできますか？

はい、調整可能です。
下記マニュアルの様に文字を置き換える方法で修正可能です。
https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_intonation.pdf

また、タグを使って音声を調整することもできます。
詳細は制作マニュアル
https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_creator.pdf
【セリフを調整する（部分的にセリフを調整）】をご参照ください。

ご利用の字幕モードが「自動字幕」の場合、読み上げテキストを編集すると字幕の文字列も変更されます。
読み上げテキストと字幕を別々に編集したい場合は、下記マニュアルをご参照ください。
詳細は制作マニュアル
https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_creator.pdf
【作成手順① 字幕（テロップ）の編集】をご参照ください。