イントネーションを修正することはできますか？

はい、調整可能です。
下記マニュアルの様に文字を置き換える方法で修正可能です。
https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_intonation.pdf

また、タグを使って音声を調整することもできます。
詳細は制作マニュアル（https://info.pip-maker.com/manual/pdf/PIP-Maker_creator.pdf）【セリフを調整する（部分的にセリフを調整）】をご参照ください。